Leur rôle dans le microbiote intestinal et leur lien possible avec les calculs rénaux

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    Voies microbiennes intestinales : comprendre le métabolisme des bactéries

    Que sont les bactéries dégradant l’oxalate ?

    L’oxalate est un composé naturellement présent dans de nombreux végétaux. Une partie de l’oxalate alimentaire est dégradée dans l’intestin par des bactéries spécialisées, avant de pouvoir être absorbée. La plus connue est Oxalobacter formigenes, une bactérie anaérobie qui utilise l’oxalate comme source d’énergie.

    O. formigenes est étudiée depuis plusieurs décennies pour son métabolisme particulier et son rôle potentiel dans l’équilibre de l’oxalate. Sa présence dans l’intestin varie d’une personne à l’autre ; la détecter ne permet pas, à elle seule, de diagnostiquer un problème de santé.

    Comment Oxalobacter formigenes dégrade-t-elle l’oxalate ?

    O. formigenes fait entrer l’oxalate dans la cellule et le transforme grâce à deux enzymes clés : la formyl-CoA transférase et l’oxalyl-CoA décarboxylase. Cette voie produit notamment du formiate et du dioxyde de carbone. Le processus fournit de l’énergie à la bactérie et contribue à réduire l’oxalate disponible dans l’intestin.

    D’autres bactéries intestinales, notamment certaines souches de Lactobacillus et de Bifidobacterium, peuvent aussi dégrader l’oxalate dans certaines conditions. Leur capacité varie selon la souche et les résultats observés en laboratoire ne garantissent pas un effet équivalent dans l’organisme.

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    Où trouve-t-on Oxalobacter formigenes ?

    O. formigenes peut coloniser le gros intestin, mais elle ne se trouve pas de façon fiable dans un aliment précis. Les aliments contenant de l’oxalate, comme les épinards, les noix, le thé ou le chocolat, apportent de l’oxalate : cela ne signifie pas qu’ils contiennent O. formigenes ni qu’ils augmentent sa quantité dans l’intestin.

    La présence de cette bactérie peut varier avec l’écosystème intestinal et des facteurs comme l’alimentation, les antibiotiques et les caractéristiques propres à chaque personne. Les données ne permettent pas de recommander un aliment ou un régime comme moyen démontré d’augmenter spécifiquement O. formigenes.

    Oxalate, bactéries et acidité : quelle différence ?

    L’oxalate est un composé organique, mais les bactéries qui le dégradent ne constituent pas une catégorie générale de « bactéries acides ». Certaines bactéries produisent des acides lors de leur métabolisme ; cette propriété ne signifie pas qu’elles dégradent l’oxalate. Il faut distinguer ces processus plutôt que de les regrouper sous une même étiquette.

    Une sensation de fatigue, des troubles digestifs ou d’autres symptômes non spécifiques ne permettent pas de conclure à un « excès d’acide dans l’organisme ». L’équilibre acido-basique du sang est régulé par l’organisme et s’évalue médicalement, pas à partir de symptômes isolés.

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    Voies microbiennes intestinales : comprendre le métabolisme des bactéries

    Quel est le lien avec les calculs rénaux ?

    L’oxalate absorbé par l’intestin passe dans le sang, puis une partie est éliminée dans les urines. Si l’urine contient des concentrations élevées d’oxalate et de calcium, des cristaux d’oxalate de calcium peuvent se former et contribuer à certains calculs rénaux.

    En dégradant une partie de l’oxalate dans l’intestin, O. formigenes pourrait limiter la quantité disponible pour l’absorption. Des recherches ont observé des associations entre la présence de cette bactérie et des niveaux d’oxalate urinaire, mais ces observations ne prouvent pas qu’elle prévient à elle seule les calculs rénaux. Le risque dépend de plusieurs facteurs, et les résultats de recherche ne suffisent pas à établir un traitement fondé sur cette bactérie.

    Peut-on reconnaître un taux élevé d’oxalate à ses symptômes ?

    Un taux élevé d’oxalate ne se reconnaît pas de manière fiable à des symptômes spécifiques. Les calculs rénaux peuvent provoquer une douleur intense au flanc, du sang dans les urines ou des difficultés à uriner, mais ces signes ont différentes causes et nécessitent une évaluation médicale. Un professionnel de santé peut proposer les examens appropriés selon la situation.

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    Comment favoriser les bactéries qui dégradent l’oxalate ?

    Il n’existe pas de méthode alimentaire ou de complément dont l’efficacité soit établie pour augmenter spécifiquement O. formigenes chez une personne. Les probiotiques vendus couramment ne contiennent pas nécessairement cette bactérie, et la capacité d’une souche à dégrader l’oxalate en laboratoire ne prouve pas qu’un produit prévient les calculs rénaux.

    Pour les personnes qui ont déjà eu des calculs ou qui s’inquiètent de leur consommation d’oxalate, un professionnel de santé peut conseiller une approche adaptée à leurs antécédents et à leurs examens. Évitez de supprimer de nombreux aliments ou de commencer un supplément dans le but de modifier le microbiote sans avis professionnel.

    Ce que les tests du microbiote peuvent — et ne peuvent pas — dire

    Les tests de microbiote peuvent détecter certains microorganismes ou leurs gènes, selon la méthode utilisée. Un résultat ne mesure pas nécessairement l’activité réelle de la bactérie et ne permet pas, à lui seul, de diagnostiquer un excès d’oxalate, d’évaluer un risque individuel de calculs ou de choisir un traitement.

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    À retenir

    Oxalobacter formigenes est une bactérie intestinale spécialisée qui utilise l’oxalate comme source d’énergie. Avec d’autres bactéries capables de dégrader ce composé, elle participe au métabolisme intestinal de l’oxalate. Son rôle dans le risque de calculs rénaux fait l’objet de recherches, mais les associations observées ne démontrent pas qu’un aliment, un probiotique ou un test du microbiote puisse prévenir ou traiter les calculs.

    Les études futures devront mieux préciser les mécanismes de dégradation, les différences entre les souches et l’importance clinique de ces bactéries. Pour toute question concernant des calculs rénaux, des symptômes ou un régime pauvre en oxalate, demandez conseil à un professionnel de santé.

    En savoir plus sur Oxalobacter formigenes et le métabolisme intestinal de l’oxalate