Les tests de santé intestinale : valent-ils vraiment le coup ?
Résumé rapide (Quick Answer Summary)
- Les tests de santé intestinale évaluent la composition et la diversité du microbiome, fournissant des indications sur la digestion, l’immunité et le bien-être mental.
- Deux grandes technologies dominent: le séquençage 16S rRNA (profil par genre) et la métagénomique shotgun (profil par espèce et fonctions).
- Ces tests ne posent pas de diagnostic médical, mais éclairent des pistes personnalisées: alimentation, probiotiques, prébiotiques, hygiène de vie.
- Principaux bénéfices: repérer les déséquilibres, personnaliser son régime, améliorer les symptômes digestifs, soutenir l’énergie et potentiellement réduire certains risques.
- Limites: variabilité d’un jour à l’autre, interprétation parfois spéculative, qualité des référentiels variable selon les laboratoires.
- Fiabilité: correcte si protocole d’échantillonnage/transport respecté, technologie transparente, et rapport clair.
- Quand les faire: troubles digestifs persistants, curiosité santé, optimisation de la nutrition, suivi après antibiotiques ou changements de mode de vie.
- Coût et délai: généralement de 100 à 400+ €, résultats en 2 à 6 semaines selon technique et services associés.
- Bonnes pratiques: ne changez pas tout d’un coup, testez des ajustements graduels, suivez les résultats, consultez un pro si symptômes sévères.
- Outil recommandé: un test du microbiome avec rapport actionnable et accompagnement.
Introduction
La santé intestinale fascine et intrigue à la fois. Depuis une décennie, la recherche met en lumière le rôle décisif du microbiome—ces milliards de micro-organismes qui colonisent notre tube digestif—dans des fonctions essentielles: digestion des fibres, production de composés bénéfiques comme les acides gras à chaîne courte (AGCC), éducation et modulation du système immunitaire, et même communication avec le cerveau via l’axe intestin-cerveau. Dans ce contexte, l’essor des tests de santé intestinale s’explique aisément: ils promettent de nous dévoiler un univers caché, de traduire des signaux biologiques en conseils personnalisés, et d’aider à prévenir ou apaiser certains troubles. Mais sont-ils réellement utiles au quotidien? À quelles questions répondent-ils, précisément? Et comment éviter les pièges d’une interprétation hâtive? Cet article propose une analyse claire et nuancée: fonctionnement des tests, bénéfices, limites, critères de choix, mises en garde, retours d’expérience, innovations à venir. Objectif: vous aider à décider, sans biais ni dogme, si un test du microbiome intestinal est pertinent pour vous, maintenant, et comment l’utiliser intelligemment pour améliorer votre bien-être global.
1. Les tests de santé intestinale : une porte d’entrée vers la connaissance de votre microbiote
Un test de santé intestinale est un examen—généralement non invasif—destiné à caractériser la composition et, parfois, le potentiel fonctionnel des micro-organismes présents dans l’intestin. Le plus souvent, il s’agit d’un échantillon de selles, car il offre une fenêtre robuste sur la communauté microbienne du côlon. Sur le marché, deux grandes familles de méthodes dominent: (1) le séquençage du gène 16S rRNA, qui brosse un portrait des bactéries jusqu’au niveau genre (parfois espèce, avec prudence), et (2) la métagénomique shotgun, qui séquence l’ensemble de l’ADN microbien, permettant une résolution plus fine (souvent jusqu’à l’espèce) et une estimation des voies métaboliques (pathways) présentes. Certaines offres ajoutent des analyses métabolomiques (par exemple, acides gras à chaîne courte, profils de métabolites), des marqueurs d’inflammation fécale (calprotectine), ou explorent la mycobiote (levures, champignons) et virobiote.
Comment ces tests «mesurent-ils» le microbiome? Ils extraient l’ADN de l’échantillon, séquencent les fragments, puis comparent les séquences à des bases de données de référence. Des algorithmes d’assignation taxonomique et de quantification déterminent les abondances relatives de groupes microbien et, pour la métagénomique, infèrent des fonctions potentielles. Il est crucial de comprendre que le microbiome observé est une photographie d’un système dynamique. Résultat: l’intérêt du test est moins de fournir une vérité figée que de situer votre profil dans une cartographie (diversité, richesse, équilibre entre guildes fermentaires) et de générer des recommandations personnalisées: alimentation plus riche en fibres spécifiques, prébiotiques ciblés (inuline, FOS, GOS), modulation des graisses et des polyphénols, et potentiellement des probiotiques choisis selon vos objectifs. Les bénéfices clés? Comprendre ses symptômes digestifs, prioriser les leviers de changement, éviter les supputations hasardeuses. Un test du microbiome bien conçu agit comme une boussole, pas comme un diagnostic médical—et c’est précisément sa valeur.
2. Comprendre le microbiome intestinal : un univers caché dans notre ventre
Le microbiome intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, archées, virus, champignons) et de leurs gènes qui résident dans l’intestin. Sa composition varie selon l’âge, l’alimentation, la génétique, le mode de vie, les médicaments (antibiotiques, IPP), la géographie, et même les saisons. Un microbiote diversifié, souvent corrélé à une alimentation riche en végétaux variés, fibres et polyphénols, est généralement considéré comme plus résilient. La diversité ne fait pas tout: la présence de certaines guildes fonctionnelles—fermentateurs de fibres produisant des AGCC comme le butyrate, propionate et acétate—importe aussi fortement. Ces métabolites nourrissent les cellules du côlon, soutiennent l’intégrité de la barrière intestinale, modulent l’inflammation locale et systémique, et influencent la sensibilité à l’insuline et les signaux de satiété.
Les rôles clés du microbiome s’étendent de la digestion des fibres et amidons résistants à la synthèse de vitamines (K, B), la biotransformation de bile et de polyphénols, la régulation immunitaire (tolérance vs réponse excessive), et la communication avec le cerveau via l’axe intestin-cerveau: nerf vague, métabolites circulants, cytokines, modulation du tryptophane et de la sérotonine. Un déséquilibre—dysbiose—ne signifie pas «mauvais microbiote» en soi; il reflète souvent une perte de diversité ou une surreprésentation de profils pro-inflammatoires, parfois associés à des perturbations digestives (ballonnements, irrégularités), dermatologiques (certaines dermatoses), métaboliques (résistance à l’insuline), ou psychiatriques (stress, humeur). Les études restent en grande partie corrélationnelles; l’individu prime: deux personnes avec un microbiome similaire peuvent avoir des réponses distinctes à un même aliment. D’où l’intérêt d’un test: transformer un flou statistique en pistes personnalisées, adaptées à votre écologie microbienne.
3. Les bénéfices d’un test de microbiome pour votre santé
Un test de microbiome intestinal peut mettre en lumière des déséquilibres subtils. Par exemple, une faible abondance de producteurs de butyrate (Faecalibacterium, Roseburia) peut coïncider avec une muqueuse plus vulnérable et des symptômes intestinaux. Une diversité réduite peut signaler un régime peu varié, des stress récurrents, ou des séquelles d’antibiothérapie. Certains marqueurs fonctionnels inférés (dégradation des fibres, potentialités de métabolisation des acides biliaires) offrent des pistes d’intervention nutritionnelle: augmenter fibres solubles (bêta-glucanes d’avoine), amidon résistant (banane peu mûre, riz refroidi), polyphénols (baies, cacao non sucré, thé vert), et prioriser des sources de prébiotiques ciblées. Les tests guidés par une restitution claire facilitent la personnalisation: sélectionner des probiotiques avec des souches documentées (par exemple, Bifidobacterium longum, Lactobacillus rhamnosus, selon objectif), et ajuster le timing des prises avec les repas pour limiter les inconforts.
Sur le plan préventif, le test peut susciter des micro-changements cumulatifs: réintroduire des fibres progressivement, diversifier les végétaux (objectif: 30 plantes/semaine en cumulant fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses, herbes, épices), structurer le sommeil et l’activité physique, réduire l’ultra-transformation. Les bénéfices potentiels incluent une meilleure régularité digestive, une baisse des ballonnements, une énergie plus stable dans la journée, et parfois une perception améliorée du stress. Il ne s’agit pas de promesses absolues: le microbiome est une pièce du puzzle; les hormones, la qualité du sommeil, la charge mentale et l’environnement social comptent aussi. Mais en focalisant l’action sur des leviers mesurables et en suivant des re-tests, on transforme le tâtonnement en boucle d’apprentissage. Un kit de test du microbiome avec accompagnement peut accélérer ce processus et éviter les raccourcis simplistes.
4. Comment fonctionne un test de microbiome intestinal ?
La plupart des tests reposent sur un prélèvement de selles réalisé à domicile. Le kit comprend un collecteur, une spatule, un tube avec solution de stabilisation, et des instructions. La stabilisation est cruciale: elle préserve l’ADN et réduit les biais liés au délai de transport. Après l’envoi, le laboratoire extrait l’ADN, prépare la bibliothèque de séquençage, et procède à l’analyse. Le 16S rRNA cible une région spécifique du gène bactérien et offre une vue macro du profil; la métagénomique shotgun lit l’ADN de tous les organismes présents, permettant une résolution plus fine et l’inférence fonctionnelle plus robuste. Fiabilité? Elle dépend de la qualité des réactifs, des contrôles qualité, de la profondeur de séquençage, et de la base de référence utilisée. Les laboratoires sérieux reportent la méthode, la couverture et des métriques (rarefaction, alpha/bêta-diversité) permettant de qualifier la confiance.
Interpréter les résultats implique de distinguer les éléments normatifs (diversité globale, ratio Firmicutes/Bacteroidetes, abondance de familles clés) et les singularités. Les «zones rouges» d’un rapport ne sont pas un diagnostic: elles signalent de potentiels leviers. Les délais de rendu varient de deux à six semaines selon la technique et la demande. Côté coût, le 16S est souvent plus abordable; la métagénomique est plus onéreuse mais plus informative. Un rapport de qualité se concentre sur des actions réalisables: ajustements alimentaires graduels, liste de fibres prébiotiques à tester, exemples de menus, protocole d’introduction de probiotiques, routine sommeil-stress-mouvement. Pour un premier parcours, privilégiez une offre claire avec support. Par exemple, InnerBuddies propose un test du microbiome à domicile avec conseils nutritionnels et rapport orienté actions mesurables.
5. Choisir le bon test de microbiome : critères et recommandations
Pour sélectionner un test fiable, examinez plusieurs critères: (1) transparence technologique (16S vs métagénomique, couverture), (2) protocole d’échantillonnage/transport et stabilisation, (3) qualité des rapports (clarté, nuancés, recommandations personnalisées), (4) présence de références scientifiques, (5) service client et accompagnement, (6) respect de la confidentialité des données, (7) possibilités de suivi (re-test, comparatifs temporels). Un comparatif critique mettra souvent en évidence que le 16S suffit pour un premier aperçu général, tandis que la métagénomique est préférable si vous cherchez une résolution plus fine, notamment pour personnaliser avec plus de granularité. Précautions: évitez d’interpréter des différences mineures comme cliniquement significatives; tenez compte de la variabilité intra-individuelle (alimentation récente, stress, cycle hormonal). Pour optimiser la précision, suivez scrupuleusement les instructions: pas d’antibiotiques récents si possible (ou attendez quelques semaines), échantillonner un jour «typique», limiter les suppléments inhabituels juste avant le prélèvement, et noter votre régime des jours précédents.
Sur le plan pratique, un test alliant qualité d’analyse et accompagnement maximise la valeur. Assurez-vous que le rapport explique les limites: ce que l’on sait avec confiance, ce qui reste hypothétique. L’outil idéal donne des priorités: par exemple, augmenter les fibres solubles avant d’introduire des polyphénols concentrés, tester un probiotique ciblé après stabilisation du régime, et réévaluer à 8-12 semaines. Les offres qui promettent de «guérir» une maladie via le microbiome doivent être considérées avec prudence. En revanche, une approche centrée sur l’éducation du consommateur et sur le suivi progressif est gage de sérieux. Pensez au rapport qualité-prix dans la durée: un test bien exploité, associé à des retours cliniques (symptomatologie, biométrie, marqueurs sanguins si disponibles), produit un rendement supérieur à un test isolé, sans accompagnement.
6. Que faire après avoir reçu vos résultats ?
Commencez par une lecture globale: diversité, richesse, abondance des principaux groupes fermentaires, potentiel estimé de production d’AGCC, signaux pro-inflammatoires possibles. Identifiez 2 à 3 priorités claires. Par exemple: (1) augmenter l’apport en fibres solubles (légumineuses bien cuites, flocons d’avoine, racines, artichaut) et amidon résistant pour soutenir les butyrogènes, (2) introduire progressivement des prébiotiques (inuline, FOS, GOS) en commençant par de faibles doses pour limiter les gaz, (3) tester un probiotique documenté pendant 8 semaines avec suivi des symptômes. En parallèle, soignez les habitudes: sommeil régulier (7-8h), exposition à la lumière du jour, gestion du stress (respiration, marche, cohérence cardiaque), et activité physique modérée mais régulière—les muscles dialoguent avec le microbiote via des myokines et l’amélioration de la sensibilité à l’insuline. Tenez un journal pour mesurer l’évolution: ballonnements, transit, énergie, humeur, appétit.
Quand consulter? Dès que des symptômes sont sévères ou persistants (douleurs, saignements, amaigrissement inexpliqué, fièvre), ou si vous avez des antécédents médicaux complexes. Un professionnel formé pourra mettre vos résultats en perspective, éviter les conclusions hâtives, et ajuster les recommandations. Le suivi: after-action review toutes les 3-4 semaines, re-test optionnel à 8-16 semaines si vous avez opéré des changements substantiels. Gardez en tête que la stabilité vient avec la répétition: mieux vaut quelques ajustements maintenus qu’une refonte totale chaotique. Si vous optez pour un test de santé intestinale InnerBuddies, profitez de l’accompagnement pour transformer les données en actions mesurées et vérifier, pas à pas, ce qui fonctionne réellement pour vous.
7. Témoignages et études de cas : succès grâce au test du microbiome
Imaginez Clara, 36 ans, consultant, souffrant de ballonnements en fin de journée et d’énergie en dents de scie. Son test met en évidence une diversité modérément basse et une sous-représentation de producteurs de butyrate. Elle choisit d’augmenter progressivement ses fibres solubles (avoine, lentilles corail, racine de chicorée), d’ajouter des légumes racines et des fruits rouges, et d’introduire un probiotique Bifidobacterium longum pendant deux mois. Résultat: ballonnements réduits, transit plus régulier, énergie plus stable. Autre cas: Malik, 48 ans, après une antibiothérapie, test initial montrant une diversité réduite et l’augmentation de familles opportunistes. Avec un protocole de réintroduction de fibres (légumineuses, pectines), une dose graduelle d’inuline, et une routine de marche quotidienne, son re-test à 12 semaines montre un enrichissement des guildes fermentaires et une amélioration des sensations digestives.
Ces histoires ne sont pas des preuves universelles, mais des illustrations de l’intérêt d’une mesure suivie d’une action. Des transformations «surprenantes» surviennent souvent quand la stratégie est à la fois simple et consistante: moins d’ultra-transformés, plus de plantes variées, un peu d’activité physique, une gestion du stress réaliste, et la patience de laisser le microbiome s’ajuster. L’accompagnement personnalisé fait la différence: traduction des résultats en étapes, validation des priorités, prévention des sur-réactions («tout changer d’un coup»), et perspective sur le long terme. La personnalisation, ce n’est pas la «magie» des données, c’est l’art de les rendre utiles dans votre vie: vos contraintes, vos goûts, votre rythme.
8. Les risques, limites et controverses liées aux tests de microbiome
Malgré leur utilité, ces tests présentent des limites. Fiabilité: même avec de bons protocoles, la variabilité intra-individuelle existe. Un repas très riche en fibres ou une période de stress peut influencer le profil à court terme. Les bases de données de référence évoluent: certaines assignations taxonomiques changent au fil des mises à jour. L’inférence fonctionnelle (notamment via 16S) reste une estimation: présence d’un gène ne garantit pas son expression. Interprétation: le risque principal est l’auto-diagnostic. Un profil «atypique» n’est pas une maladie; il demande des ajustements, pas l’alarme. Sur le plan scientifique, nombre d’associations sont corrélationnelles; caution requise lorsque des entreprises prétendent des applications cliniques directes sans validation.
Évitez les pièges: ne fétichisez pas un ratio unique, regardez le système dans sa globalité. Méfiez-vous des «protocoles universels». Les controverses portent aussi sur l’usage médical officiel: aujourd’hui, la plupart des tests consommateurs ne remplacent pas un diagnostic clinique. Ils complètent. Pour minimiser les risques: choisissez une offre transparente, respectez les étapes, et consultez un professionnel si vous avez des symptômes d’alarme. Enfin, considérez la dimension temporelle: un test est un instantané; l’objectif réel est la trajectoire. Un plan rationnel—basé sur un test du microbiome explicite, des ajustements réalistes, un suivi—offre un retour sur investissement concret, tandis que les promesses «miracles» vous exposent aux déceptions.
9. Futur des tests du microbiome intestinal : innovations et tendances
L’innovation accélère: la métagénomique devient plus accessible, et l’intégration multi-omique (métabolomique, transcriptomique) clarifie le passage du «potentiel» à la «fonction réalisée». L’analyse des métabolites clés (AGCC, indoles, dérivés du tryptophane) pourrait mieux relier les données microbiennes aux symptômes et aux marqueurs sanguins. L’IA, bien utilisée, rapproche les profils microbiens d’issues cliniques présumées; prudence toutefois: les modèles doivent être robustes, transparents et validés sur des cohortes diverses. Une tendance forte est la personnalisation nutritionnelle basée sur la réponse glycémiques et lipidiques post-prandiales, combinant microbiome, paramètres de mode de vie, et capteurs (glycémie continue chez certaines populations). Du côté de l’accessibilité, les coûts devraient baisser à mesure que les plateformes évoluent et que la demande s’élargit; les rapports deviendront plus pédagogiques, distinguant plus nettement «ce que l’on sait», «ce que l’on suppose raisonnablement», et «ce qui nécessite validation».
Parallèlement, la réglementation et l’éthique des données deviennent centrales: consentement, anonymisation, usage secondaire des données pour la recherche. Les tests utiles seront ceux qui font progresser l’utilisateur à chaque itération—des recommandations actionnables, une évaluation de l’adhérence, des comparaisons temporelles claires. En somme, le futur proche mettra l’accent sur la qualité interprétative et l’orchestration de multiples signaux biologiques, et non sur la seule accumulation de séquences. Les outils bien conçus—accompagnement, précision technologique, pédagogie—transformeront ces tests d’un gadget curieux en une pièce intégrée d’une hygiène de vie fondée sur des données, particulièrement utile pour celles et ceux qui veulent passer de l’intuition à l’action mesurée.
Conclusion
Les tests de santé intestinale ne sont ni des oracles ni des illusions: ce sont des instruments de mesure, puissants lorsqu’ils s’inscrivent dans une démarche pragmatique. Ils offrent un diagnostic de situation—non médical, mais biologique et nutritionnel—qui aide à prioriser les bonnes actions: diversifier l’alimentation végétale, introduire des prébiotiques graduels, choisir des probiotiques ciblés, ajuster le sommeil, le stress, et le mouvement. Utilisés intelligemment, ils accélèrent l’apprentissage personnel et rendent tangibles les micro-progrès: moins de ballonnements, plus d’énergie stable, parfois une humeur plus lisse. Le secret? La patience et la méthode: comprendre les limites, tenir un journal, re-tester au besoin, et demander conseil quand c’est pertinent. Est-ce que cela «vaut le coup»? Pour quiconque souhaite une feuille de route personnalisée et mesurable, la réponse est souvent oui—à condition de choisir un test transparent, un rapport exploitable, et de transformer les données en décisions durables.
Appel à l’action
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Points clés
- Un test du microbiome fournit une photographie utile mais non définitive de votre écosystème intestinal.
- Les méthodes principales: 16S (vue globale) et métagénomique (plus détaillée et fonctionnelle).
- Les recommandations efficaces sont graduelles, personnalisées et évaluées dans le temps.
- Évitez l’auto-diagnostic et consultez en cas de symptômes d’alarme.
- Visez la diversité végétale, les prébiotiques, et une hygiène de vie cohérente.
- Les tests sont d’autant plus utiles avec un accompagnement et un re-test planifié.
- Les résultats aident à prioriser les actions et à éviter les régimes extrêmes.
- L’innovation (IA, multi-omique) promet plus de pertinence, à condition de rester prudents.
Questions fréquentes (Q&A)
1) Un test de microbiome peut-il diagnostiquer une maladie?
Non. Ces tests ne posent pas de diagnostic médical. Ils fournissent des indices sur la composition microbienne et des pistes d’optimisation, mais un diagnostic relève d’un professionnel de santé et d’examens cliniques dédiés.
2) Quelle est la différence entre 16S et métagénomique?
Le 16S cible un gène de référence et dresse un profil bactérien global, surtout au niveau genre. La métagénomique séquence l’ensemble de l’ADN, offrant une résolution plus fine (souvent jusqu’à l’espèce) et une inférence fonctionnelle plus riche.
3) Les résultats sont-ils stables dans le temps?
Relativement, mais pas totalement. Le microbiome fluctue avec l’alimentation, le stress, le sommeil, les voyages; il est préférable de considérer les résultats comme une base de travail et de réévaluer après des changements significatifs.
4) Faut-il arrêter les probiotiques avant le test?
Idéalement, suivez les instructions du kit. Certains laboratoires recommandent de les suspendre quelques jours pour observer votre ligne de base; d’autres préfèrent capter votre état «réel». L’important est la cohérence du protocole.
5) Que faire si mon rapport montre une faible diversité?
Augmentez progressivement la variété des végétaux et des fibres, introduisez des prébiotiques en petites doses, et surveillez vos réponses. La régularité et la patience sont clés pour enrichir la diversité.
6) Quelle est la valeur d’un re-test?
Un re-test permet de mesurer l’impact de vos actions et d’ajuster la stratégie. Généralement, 8 à 16 semaines après un plan structuré suffisent pour observer des tendances dans la bonne direction.
7) Le test peut-il améliorer ma santé mentale?
Indirectement. Un microbiome mieux nourri et une barrière intestinale plus robuste peuvent moduler l’inflammation et certains métabolites impliqués dans l’axe intestin-cerveau, mais l’effet varie selon les individus et n’est pas une garantie.
8) Comment choisir un probiotique sur la base du test?
Privilégiez des souches documentées en lien avec vos objectifs (digestifs, immunitaires). Commencez par une seule modification à la fois et évaluez votre tolérance sur 6 à 8 semaines avant d’étendre.
9) Y a-t-il des risques à faire un test?
Les risques sont minimes (test non invasif). Le principal écueil est l’interprétation excessive ou anxiogène des résultats. D’où l’intérêt d’un rapport pédagogique et d’un accompagnement.
10) Les enfants peuvent-ils faire un test?
Dans certains cas, oui, mais demandez conseil à un professionnel. Le microbiome évolue fortement chez l’enfant; l’interprétation doit être adaptée à l’âge et au contexte clinique.
11) Les tests détectent-ils les parasites?
Ce n’est pas leur cible première. Certains labos peuvent détecter des signatures, mais un diagnostic parasitaire nécessite des analyses spécifiques prescrites par un professionnel.
12) Combien de temps pour voir des effets après ajustement?
Parfois quelques jours pour le transit; souvent 2 à 8 semaines pour des changements plus durables. La constance alimentaire et de mode de vie est déterminante.
13) Le ratio Firmicutes/Bacteroidetes est-il crucial?
Il fournit une information partielle. Mieux vaut évaluer la diversité, les guildes fonctionnelles (producteurs d’AGCC) et les métabolites, plutôt que de se focaliser sur un seul ratio.
14) Puis-je faire le test pendant un régime particulier (cétogène, végétalien)?
Oui, mais sachez que votre régime influence fortement les résultats. Si votre objectif est la ligne de base «habituelle», testez dans des conditions représentatives de votre quotidien.
15) Un test suffit-il pour «optimiser» ma santé?
Non, c’est un début. La valeur provient de l’action: ajustements graduels, suivi, et éventuel re-test. Intégrez d’autres marqueurs (poids, glycémie, sommeil, stress) pour une vision holistique.
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