Étude du microbiome intestinal : méthodes et interprétation
Comment étudier le microbiome intestinal ? L’étude du microbiome intestinal consiste généralement à analyser un échantillon de selles : le laboratoire extrait l’ADN microbien, le séquence, puis compare les séquences à des bases de données à l’aide d’outils bioinformatiques. Le séquençage 16S fournit un profil ciblé de nombreuses bactéries et archées, tandis que la métagénomique shotgun explore plus largement l’ADN présent. Ces analyses décrivent un échantillon à un moment donné et ne constituent pas, à elles seules, un diagnostic médical.
Microbiote et microbiome : quelle différence ?
Le microbiote désigne la communauté de micro-organismes vivant dans un environnement donné, comme l’intestin. Il comprend notamment des bactéries, des archées, des champignons, des levures, des virus et des bactériophages.
Le microbiome désigne généralement le matériel génétique de ces micro-organismes. Selon les définitions, le terme peut aussi englober les micro-organismes, leurs gènes et leur environnement, considéré comme un écosystème. Pour retenir la distinction la plus simple, le microbiote correspond surtout aux organismes présents, tandis que le microbiome renvoie à leurs gènes et à l’écosystème microbien associé.
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Définition du microbiome intestinal
Le microbiome intestinal correspond à l’ensemble des gènes et des interactions associés aux micro-organismes du tube digestif. Sa composition varie naturellement d’une personne à l’autre et peut évoluer avec l’alimentation, l’âge, les médicaments, les voyages, les infections récentes ou d’autres facteurs. Il n’existe donc pas un profil unique qui conviendrait à tout le monde.
Quels micro-organismes sont étudiés ?
- Bactéries : elles représentent une grande partie des micro-organismes étudiés. Certaines participent à la fermentation des fibres et produisent des métabolites, notamment des acides gras à chaîne courte.
- Archées : moins abondantes, elles peuvent participer à certaines réactions de fermentation, parfois avec une production de méthane.
- Champignons et levures : ils constituent le mycobiote et peuvent interagir avec d’autres micro-organismes.
- Virus et bactériophages : les bactériophages infectent les bactéries et peuvent influencer la structure de la communauté microbienne.
Comment se déroule une étude du microbiome intestinal ?
1. Le prélèvement de selles
Les études utilisent souvent des selles, car cet échantillon est relativement accessible. Il reflète principalement une partie du microbiote intestinal, notamment les micro-organismes présents dans la lumière du côlon. Il ne représente pas nécessairement les communautés associées à toutes les zones du tube digestif.
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Pour limiter les contaminations, suivez précisément les instructions du laboratoire ou du kit. Utilisez le matériel fourni, évitez le contact avec l’eau ou les produits ménagers et refermez correctement le contenant.
2. La conservation et le transport
La température, le délai avant l’analyse et le liquide de conservation peuvent influencer les résultats. Les conditions varient selon les protocoles. Respectez donc les indications du fabricant ou du laboratoire plutôt que d’appliquer une règle générale.
3. L’extraction de l’ADN
Le laboratoire libère puis purifie l’ADN présent dans l’échantillon. Des méthodes mécaniques et enzymatiques peuvent être combinées pour ouvrir différents types de cellules. La qualité de l’extraction et la quantité d’ADN obtenue peuvent influencer la détection de certains micro-organismes.
4. Le séquençage 16S
Le séquençage 16S cible certaines régions du gène codant l’ARN ribosomique 16S, présent chez les bactéries et les archées. Il permet d’étudier la composition bactérienne et certains indicateurs de diversité microbienne, souvent avec moins de données et un coût plus limité que la métagénomique.
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5. La métagénomique shotgun
La métagénomique shotgun séquence de nombreux fragments d’ADN présents dans l’échantillon. Elle peut fournir des informations sur les bactéries, les archées, certains champignons et virus, ainsi que sur des gènes associés à des fonctions potentielles.
Cette approche offre une vue plus large, mais son interprétation dépend de la qualité de l’échantillon, de la profondeur de séquençage, des bases de données et des méthodes de calcul. La présence d’un gène ne prouve pas que la fonction correspondante est active dans l’organisme.
6. L’analyse bioinformatique
Les séquences sont contrôlées, nettoyées et comparées à des bases de référence. Les chercheurs peuvent ensuite estimer la composition microbienne, la richesse et certains indicateurs de diversité, ainsi que des fonctions potentielles. Les résultats peuvent varier selon les logiciels, les bases de données et les seuils retenus.
Comment interpréter un test du microbiome ?
Un rapport peut présenter l’abondance relative de certains groupes, la richesse observée ou différents indicateurs de diversité. L’abondance relative ne correspond pas toujours à une quantité absolue : la hausse apparente d’un groupe peut aussi refléter la diminution d’un autre.
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Les comparaisons sont plus utiles lorsqu’elles tiennent compte du contexte : alimentation habituelle, âge, médicaments, antibiotiques récents, voyage, maladie récente, qualité du prélèvement et méthode utilisée. Un résultat isolé ne suffit pas à conclure sur l’état de santé d’une personne, à expliquer des symptômes ou à recommander un traitement.
Les méthodes et les bases de données ne sont pas toutes équivalentes. Un test du microbiome à domicile peut fournir des informations sur l’échantillon analysé lorsque le prélèvement et le traitement sont correctement réalisés, mais il ne remplace pas une évaluation médicale. En cas de symptômes persistants, sévères, qui s’aggravent ou qui vous inquiètent, demandez conseil à un professionnel de santé.
Comment préparer un test du microbiome ?
- Suivez les consignes du laboratoire concernant le prélèvement, la conservation et l’envoi.
- Évitez de modifier radicalement votre alimentation juste avant le prélèvement, sauf indication contraire du protocole.
- Indiquez les médicaments, antibiotiques récents, compléments alimentaires ou événements particuliers demandés dans le questionnaire.
- Ne stoppez jamais un traitement prescrit pour obtenir un résultat différent. Parlez-en à votre professionnel de santé.
- Notez qu’un seul prélèvement fournit une photographie partielle du microbiome et que les résultats peuvent varier dans le temps.
Quelles habitudes peuvent soutenir le microbiote intestinal ?
Une alimentation variée contenant des sources de fibres, comme les légumes, les fruits, les légumineuses et les céréales complètes, peut contribuer à nourrir différentes bactéries intestinales. Faites évoluer vos habitudes progressivement et tenez compte de votre tolérance individuelle.
Le sommeil, l’activité physique et la gestion du stress participent également à l’hygiène de vie globale. Les aliments fermentés peuvent être intégrés à une alimentation équilibrée, mais leurs effets varient selon les personnes. Les probiotiques et les compléments ne sont pas nécessaires pour tout le monde et ne remplacent pas un avis médical, notamment en cas de maladie ou de symptômes digestifs persistants.
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Quelle est la définition du microbiome ?
Le microbiome est généralement défini comme l’ensemble du matériel génétique associé aux micro-organismes d’un environnement. Selon la définition retenue, il peut aussi désigner l’écosystème comprenant les microbes, leurs gènes et leur environnement. Dans cet article, le microbiome intestinal concerne les micro-organismes du tube digestif, leurs gènes et leurs interactions.
Quelle est la différence entre le microbiote et le microbiome ?
Le microbiote désigne principalement les micro-organismes présents dans un environnement. Le microbiome renvoie à leur matériel génétique et, selon l’usage, à l’écosystème microbien dans son ensemble. Les deux termes sont parfois employés comme des synonymes dans le langage courant.
Les tests du microbiome à domicile sont-ils fiables ?
Ils peuvent décrire certains éléments de l’échantillon analysé si le prélèvement, la conservation et l’analyse sont correctement réalisés. Toutefois, les résultats dépendent de la méthode, du laboratoire et de la base de données. Ils ne suffisent pas à diagnostiquer une maladie et doivent être interprétés avec prudence.
À retenir
Une étude du microbiome intestinal associe prélèvement, extraction de l’ADN, séquençage et analyse bioinformatique. Le séquençage 16S fournit un profil ciblé des bactéries et des archées, tandis que la métagénomique shotgun explore plus largement l’ADN présent. Pour découvrir un exemple d’analyse, consultez le test du microbiome InnerBuddies, en gardant à l’esprit qu’un résultat ne remplace pas une évaluation médicale.